Lorsque la deuxième guerre mondiale éclate, le Portugal de Salazar déclare aussitôt sa neutralité, sous prétexte qu’il faut conserver une autonomie politique portugaise par rapport à ce conflit, d’une part. D’autre part et toujours selon Salazar, le gouvernement prétendait défendre l’intérêt portugais sans se trouver enchainé aux affinités idéologiques des autres parties en conflit.
Il était clair que pour Salazar, le Portugal n’avait pas grand-chose à voir avec l’Europe de laquelle il voulait s’éloigner le plus possible, puisque sa vocation était essentiellement coloniale et devait se tourner vers l’outre-mer où le Portugal régnait encore sur l’Angola, le Mozambique, la Guinée, le Cap-Vert et quelques autres, donnant encore l’illusion que le Portugal était un vaste et puissant territoire, aussi important qu’une bonne partie de l’Europe.
Malgré l’alliance lusobritannique, Salazar reste sourd aux demandes britanniques de suspendre l’émission des bulletins météorologiques qui concernaient la région des Açores, de permettre le transit des soldats anglais par le Mozambique et de refuser l’accès des Allemands au Portugal. En parallèle, le Portugal n’a pas économisé ses efforts diplomatiques pour que l’Espagne n’entre pas dans le conflit, pour ne pas courir le risque de voir compromise la « neutralité » portugaise.
Le Portugal et l’Espagne signent alors un traité de non-agression et d’amitié.
Lorsque les Anglais demandent au Portugal qu’il ne fournisse plus l’Allemagne en wolframite, Salazar leur répond qu’il est prêt à le faire, à la condition de ne plus fournir les Anglais non plus.
Ceci n’empêche que, dans l’ombre, la diplomatie anglaise négocie âprement et que d’énormes pressions pour l’accès aux Açores et au Cap-Vert vont se faire de plus en plus nombreuses, par les Anglais d’abord et par les Américains ensuite, qui trouvent ces territoires stratégiquement importants.
En 1943, alors que la défaite de l’Allemagne semble imminente, le Portugal signe un accord avec les Anglais, qui concède à ces derniers l’installation dans les Açores et, de crainte de se voir attaqué par les Allemands, obtient du gouvernement espagnol la certitude que celui-ci s’allierait au Portugal en cas d’agression par l’Allemagne.
En octobre 1943, les troupes anglaises s’installaient aux Açores. Et deux semaines après, des bombardiers commençaient la chasse aux sous-marins allemands. Après une perte de 53 sous-marins pour les Allemands commençait la débâcle annonçant la fin de la Bataille de l’Atlantique.
Par la même occasion, les États-Unis veulent se voir octroyer les mêmes largesses qu’ont les Anglais dans l’occupation des Açores. Dans un premier temps, le Portugal refuse parce qu’il n’existe pas de liens entre les deux pays. Puis, par voie diplomatique, le Portugal obtient la promesse qu’Anglais et Américains feront pression sur l’Australie pour que soit libéré le Timor-Leste, occupé en 1941 par les Australiens et ensuite en 1942 par les Japonais, et redonné au Portugal.
Curieusement, après la Révolution des œillets, le gouvernement portugais a décidé d’abandonner, en août 1975, l’ile du Timor et de la remettre aux mains de la Fretlin qui a proclamé l’indépendance du Timor en novembre de la même année. Une indépendance de courte durée puisque l’Indonésie a annexé le Timor en décembre. Il a fallu attendre 2002 et des années de diplomatie et de négociations pour que le Timor devienne enfin indépendant. La communauté internationale, choquée, a découvert alors un pays sans infra-structures et complétement dévasté par l’Indonésie.
La gestion « neutre » de Salazar, pleine de compromis secrets et de mensonges, a fait que, dans un monde en sang, le Portugal a été épargné et qu’il a été à la fois une terre d’accueil et de passage pour beaucoup d’exilés politiques, comme l’Arménien Calouste Gulbenkian, ou alors un enfer pour d’autres, comme pour Aristides de Sousa Mendes, et tant et tant de prisonniers politiques. Le Portugal va connaître un retard culturel et économique ainsi qu’un éloignement de plusieurs décennies des démocraties européennes.
Avec la fin de la Deuxième guerre mondiale commence au Portugal une des plus longues dictatures européennes qui ne connaîtra de fin qu’en avril 1974, avec la Révolution des œillets.
Les historiens et analystes politiques jugeront toutes les contradictions et implications historiques de l’action de Salazar qui, ne l’oublions pas, a décrété trois jours de deuil officiel lors de la mort d’Hitler, et qui, pour une partie des Portugais, d’après un très sérieux sondage national, a été considéré comme le plus grand Portugais de tous les temps, devant le fondateur de la nation portugaise, le poète Camões et tant d’autres…